Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистских сил. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости древний заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта её встречает фея, которая приводит девочку к его владыке — Фавну. Таинственное существо раскрывает Офелии её истинную сущность: она — давно потерянная принцесса волшебного королевства, чей отец веками искал её. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого она должна выполнить три испытания до полнолуния, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.